北交所设立在北京，并不是单纯行政安排，而是综合已有市场基础、科创资源禀赋、金融监管区位和区域资本市场均衡发展多重现实条件之后做出的选择，其前身是扎根北京多年的新三板精选层，升级改建之后正式成为全国性证券交易场所。很多投资者习惯把北交所和沪深交易所横向对比，沪深地处南方沿海，而北交所落地首都，核心定位是服务创新型中小企业，选址北京能够最大程度匹配它的市场功能定位。
北京拥有北交所天然的底层市场根基，全国中小企业股份转让系统也就是新三板，长期运营主体就设立在北京，大量创新层、基础层中小企业资源、中介服务配套都已经在此沉淀，北交所企业全部从新三板创新层当中遴选产生，延续原有市场体系可以减少制度重建成本，实现新三板与北交所的无缝衔接，打通基础层、创新层再到北交所，再转板沪深交易所的完整梯度资本市场链条。如果更换其他城市，整套挂牌企业储备、审核流程、中介协作网络都需要重新搭建，改革落地效率会大打折扣。与此同时北京作为国家金融管理中心，监管机构、券商总部、创投机构高度聚集，交易所和监管体系沟通协作的成本更低，各类股权投资机构也能够就近挖掘专精特新中小企业，完善投早投小投科技的资本生态。
科创企业资源富集，是北交所落户北京另一项关键因素。北京汇聚国内数量庞大高校、科研院所，专精特新、科创类中小企业储备充足，大量科研成果等待资本市场完成产业化转化，北交所设立在这里，方便资本对接本地源源不断科创项目，也辐射整个京津冀区域的创新企业成长，带动北方中小企业直接融资发展，改善过去国内证券交易场所集中于南方，南北资本市场资源配置不均衡的现状。沪深交易所更偏向成熟大型企业，北交所承担起扶持中小科创企业的任务，北京的人才、科研、创业氛围刚好和这一使命相互适配，源源不断为市场输送上市后备企业资源。
也要客观区分，北交所虽然落地北京，但它服务对象面向全国，并不是只服务北京本地企业，全国各地符合条件的新三板创新层企业，都可以申报北交所上市，京津冀只是重点辐射区域。对于普通投资者而言，地域不会直接影响交易体验，无论身处国内哪个城市，都可以通过证券账户参与北交所交易，只是要满足合格投资者门槛要求。不少币圈用户习惯把各类交易平台地域和风险挂钩，但北交所属于国内正规场内证券市场，和虚拟货币交易平台存在本质区别，二者监管体系、资产属性完全不能混为一谈。
